Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
HOXA3O43365 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
HOXA3O43365 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
HOXA3O43365 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
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