Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 POLR1D-212ENST00000630983 1931 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SFXN1-201ENST00000321442 4231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMA1Q9UHB6 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC17.84■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.4 ms