Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 CMTM6-201ENST00000205636 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 SH2D3C-206ENST00000429553 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 PARD3B-204ENST00000406610 8174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
TRIM4Q9C037 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 AC104581.4-201ENST00000623126 3052 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 FABP1-202ENST00000393750 1839 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
TRIM4Q9C037 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms