Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 HMBOX1-205ENST00000518080 559 ntTSL 410.59□□□□□ -0.711e-10■■■■■ 107
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SF3B1O75533 AC012651.1-204ENST00000495723 3881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.59□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-209ENST00000504921 7561 ntTSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-207ENST00000530314 3488 ntTSL 1 (best)10.59□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VWA5A-201ENST00000361352 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRAP-206ENST00000541731 1698 ntTSL 210.58□□□□□ -0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-236ENST00000638685 2372 ntTSL 5 BASIC10.57□□□□□ -0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRDM15-202ENST00000398548 6654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FGF13-206ENST00000448673 652 ntTSL 510.57□□□□□ -0.723e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIAS2-214ENST00000592011 1394 ntTSL 1 (best)10.56□□□□□ -0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATP13A1-205ENST00000469641 4241 ntTSL 210.56□□□□□ -0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KAT6A-204ENST00000418721 3279 ntTSL 210.55□□□□□ -0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-242ENST00000638878 1369 ntTSL 510.55□□□□□ -0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC008764.4-206ENST00000594509 479 ntTSL 210.54□□□□□ -0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC02246-201ENST00000412426 991 ntTSL 5 BASIC10.52□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MDH1-216ENST00000544381 1346 ntTSL 2 BASIC10.5□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COL6A4P2-203ENST00000507516 738 ntTSL 510.49□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SF3B3-207ENST00000566095 453 ntTSL 310.48□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-205ENST00000397246 858 ntTSL 510.48□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SGK1-202ENST00000367855 2422 ntTSL 510.47□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-238ENST00000634641 359 ntTSL 510.47□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KCNIP2-209ENST00000434163 534 ntTSL 1 (best)10.47□□□□□ -0.731e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-206ENST00000583678 551 ntTSL 4 BASIC10.47□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF589-205ENST00000448461 4703 ntTSL 210.46□□□□□ -0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-244ENST00000638913 2390 ntTSL 510.46□□□□□ -0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC006946.2-201ENST00000608373 2855 ntBASIC10.45□□□□□ -0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AL356599.1-205ENST00000606388 3961 ntTSL 1 (best) BASIC10.44□□□□□ -0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VWA5A-202ENST00000392744 2691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.43□□□□□ -0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-202ENST00000419300 9557 ntTSL 1 (best) BASIC10.4□□□□□ -0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS53-220ENST00000576149 2444 ntTSL 510.4□□□□□ -0.751e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNTTIP1-203ENST00000435014 930 ntTSL 510.39□□□□□ -0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CNOT6L-208ENST00000515506 4024 ntTSL 510.39□□□□□ -0.752e-15■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-201ENST00000228345 2826 ntTSL 210.38□□□□□ -0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-202ENST00000358495 2710 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.37□□□□□ -0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FN1-209ENST00000432072 7759 ntTSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SDHA-214ENST00000511810 3001 ntTSL 210.36□□□□□ -0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC1-205ENST00000522793 1432 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.34□□□□□ -0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRDM15-205ENST00000441787 6542 ntTSL 1 (best)10.33□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AQP3-203ENST00000473153 751 ntTSL 510.33□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED20-203ENST00000409060 815 ntTSL 2 BASIC10.33□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MKS1-212ENST00000583577 697 ntTSL 210.33□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTL-201ENST00000233336 14269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.32□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MTCL1-207ENST00000518815 3963 ntTSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP28-205ENST00000537706 1900 ntTSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-203ENST00000437473 4340 ntTSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAF3IP2-AS1-206ENST00000449449 784 ntTSL 3 BASIC10.3□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-219ENST00000511086 689 ntTSL 210.29□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EHBP1-205ENST00000413434 533 ntTSL 410.29□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EP400-207ENST00000611739 4314 ntTSL 1 (best)10.29□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRDM15-203ENST00000422911 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.28□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-226ENST00000627516 618 ntTSL 510.28□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NLRP2-207ENST00000433772 540 ntTSL 510.28□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-228ENST00000627902 675 ntTSL 510.28□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-237ENST00000630994 749 ntTSL 510.28□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-246ENST00000638963 1580 ntTSL 5 BASIC10.27□□□□□ -0.768e-6■■■■■ 107
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SF3B1O75533 STRADA-227ENST00000638309 1383 ntTSL 5 BASIC10.24□□□□□ -0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LBHD1-206ENST00000526490 1311 ntTSL 210.24□□□□□ -0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MDH1-201ENST00000233114 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.24□□□□□ -0.778e-6■■■■■ 107
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SF3B1O75533 ITPK1-204ENST00000553655 390 ntTSL 510.22□□□□□ -0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUP85-203ENST00000540768 1926 ntTSL 2 BASIC10.22□□□□□ -0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BAIAP2-212ENST00000573017 574 ntTSL 410.21□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EHBP1-217ENST00000472809 1374 ntTSL 510.21□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC1-201ENST00000231238 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.21□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZRANB2-AS2-230ENST00000628635 911 ntTSL 510.2□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-218ENST00000545564 681 ntTSL 1 (best) BASIC10.2□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLG2-208ENST00000582501 925 ntTSL 510.2□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RFFL-210ENST00000582308 398 ntTSL 310.2□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD51-207ENST00000531277 658 ntTSL 310.2□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM161B-207ENST00000509387 963 ntTSL 2 BASIC10.18□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PHGDH-215ENST00000641371 725 nt10.18□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR77-202ENST00000449340 877 ntTSL 510.16□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMG1-205ENST00000561947 2664 ntTSL 510.15□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-231ENST00000606377 6901 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC10.15□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPIP5K1-202ENST00000348806 5433 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.15□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 URGCP-202ENST00000402306 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PYGB-201ENST00000216962 4134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-208ENST00000587987 1036 ntTSL 1 (best)10.14□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RBM27-201ENST00000265271 6451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNAL-206ENST00000585642 623 ntTSL 410.13□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ALMS1-204ENST00000484298 12595 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-208ENST00000383825 472 ntTSL 1 (best)10.11□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEF2C-211ENST00000506716 854 ntTSL 510.11□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PCYOX1-205ENST00000451279 648 ntTSL 410.11□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COA7-201ENST00000371538 4005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.11□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AK4-205ENST00000479060 867 ntTSL 310.1□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MDH1-205ENST00000432309 844 ntTSL 510.1□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SGK1-213ENST00000477460 1896 ntTSL 210.09□□□□□ -0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NFIA-213ENST00000493627 696 ntTSL 1 (best)10.07□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRPV1-207ENST00000572705 4166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MADD-223ENST00000634938 658 ntTSL 510.07□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MDH1-215ENST00000539945 1443 ntTSL 2 BASIC10.06□□□□□ -0.88e-6■■■■■ 107
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