Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC29.66■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
BRCA1P38398 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC29.56■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
BRCA1P38398 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
BRCA1P38398 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms