Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.4 ms