Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL28A1Q2UY09 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL28A1Q2UY09 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.27
COL28A1Q2UY09 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL28A1Q2UY09 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL28A1Q2UY09 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 246.1 ms