Protein–RNA interactions for Protein: P09429

HMGB1, High mobility group protein B1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB1P09429 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
HMGB1P09429 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.17■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
HMGB1P09429 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
HMGB1P09429 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms