Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 RHCE-206ENST00000413854 1198 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 PRPSAP2-216ENST00000536323 1872 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL6A1P12109 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms