Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 TOP3A-220ENST00000585031 575 ntTSL 420.1■□□□□ 0.818e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBWD2-202ENST00000358604 1740 ntTSL 1 (best)20.1■□□□□ 0.818e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.818e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FAM136A-205ENST00000460307 2398 ntTSL 1 (best)20.08■□□□□ 0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-205ENST00000444184 1887 ntTSL 1 (best)20.06■□□□□ 0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-207ENST00000519139 1561 ntTSL 520.03■□□□□ 0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.88e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MYO9B-212ENST00000598101 518 ntTSL 220.02■□□□□ 0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-206ENST00000535344 561 ntTSL 419.98■□□□□ 0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STT3A-216ENST00000534472 1561 ntTSL 1 (best)19.97■□□□□ 0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPI-206ENST00000587384 810 ntTSL 319.96■□□□□ 0.798e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FXR2-201ENST00000250113 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNASE1L1-208ENST00000424626 942 ntTSL 519.91■□□□□ 0.788e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-202ENST00000562263 811 ntTSL 319.89■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-213ENST00000618181 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PROB1-201ENST00000434752 5122 ntAPPRIS P1 BASIC19.87■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-212ENST00000428692 541 ntTSL 419.87■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-220ENST00000457757 835 ntTSL 519.87■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 METTL8-206ENST00000442778 578 ntTSL 419.87■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ACSF3-211ENST00000540697 829 ntTSL 219.85■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-215ENST00000522043 499 ntTSL 319.84■□□□□ 0.778e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COL9A3-214ENST00000490398 496 ntTSL 419.78■□□□□ 0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.768e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ABCA2-217ENST00000479446 6295 ntTSL 1 (best)19.77■□□□□ 0.769e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ECSIT-205ENST00000585898 607 ntTSL 219.76■□□□□ 0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GPI-210ENST00000589504 536 ntTSL 219.76■□□□□ 0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NDUFV1-220ENST00000531250 736 ntTSL 219.73■□□□□ 0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.758e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SFI1-201ENST00000357852 1453 ntTSL 1 (best)19.71■□□□□ 0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FANCA-206ENST00000561660 762 ntTSL 519.7■□□□□ 0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-211ENST00000423749 771 ntTSL 519.69■□□□□ 0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TEX261-203ENST00000466731 585 ntTSL 1 (best)19.66■□□□□ 0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GGNBP2-214ENST00000616019 695 ntTSL 219.65■□□□□ 0.748e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-252ENST00000504152 695 ntTSL 319.64■□□□□ 0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-254ENST00000504679 460 ntTSL 419.64■□□□□ 0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC19.62■□□□□ 0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SRI-205ENST00000457606 769 ntTSL 519.62■□□□□ 0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.59■□□□□ 0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 YTHDF2-203ENST00000474884 864 ntTSL 519.59■□□□□ 0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-215ENST00000542785 633 ntTSL 419.59■□□□□ 0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CRELD2-207ENST00000462253 471 ntTSL 519.59■□□□□ 0.738e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.57■□□□□ 0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC19.57■□□□□ 0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAPPC9-211ENST00000521700 548 ntTSL 319.54■□□□□ 0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-208ENST00000429159 1608 ntTSL 1 (best)19.54■□□□□ 0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMG1-203ENST00000532700 1259 ntTSL 219.52■□□□□ 0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-213ENST00000453922 730 ntTSL 319.52■□□□□ 0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FYN-221ENST00000520518 864 ntTSL 519.52■□□□□ 0.728e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POLR1E-203ENST00000442009 1805 ntTSL 219.52■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF385A-208ENST00000549962 572 ntTSL 419.51■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAP1GDS1-207ENST00000503667 573 ntTSL 419.49■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PGGHG-208ENST00000529087 745 ntTSL 219.48■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STEAP1B-203ENST00000424363 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 519.47■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.718e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-262ENST00000639950 2133 ntTSL 519.45■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AMPD2-222ENST00000531203 575 ntTSL 419.45■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMIM29-203ENST00000413013 806 ntTSL 219.45■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR11-213ENST00000605202 651 ntTSL 419.43■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZDHHC8-207ENST00000472497 909 ntTSL 219.41■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IL15RA-219ENST00000534292 1694 ntTSL 1 (best)19.4■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCLAT1-208ENST00000476535 537 ntTSL 419.4■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PALM-205ENST00000587513 2290 ntTSL 419.39■□□□□ 0.78e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC25A43-203ENST00000488158 2699 ntTSL 219.38■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBY1-209ENST00000492537 542 ntTSL 219.36■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-272ENST00000513243 549 ntTSL 519.36■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COPS7A-202ENST00000455113 1718 ntTSL 319.36■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RIPOR1-218ENST00000566920 584 ntTSL 419.35■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ADCK1-208ENST00000557501 844 ntTSL 319.33■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMIM29-204ENST00000463083 1487 ntTSL 219.33■□□□□ 0.698e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-207ENST00000535383 665 ntTSL 219.32■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HDAC4-211ENST00000494800 451 ntTSL 519.3■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP19-210ENST00000465902 617 ntTSL 319.3■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PELI3-206ENST00000528752 1967 ntTSL 419.3■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TES-208ENST00000492891 1022 ntTSL 219.28■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-208ENST00000636200 2707 ntTSL 519.28■□□□□ 0.688e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AKT2-225ENST00000496089 982 ntTSL 519.26■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-212ENST00000455099 1202 ntTSL 519.26■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ATAD2B-204ENST00000439915 1406 ntTSL 1 (best)19.24■□□□□ 0.678e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1604 ms