RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000465902.1

USP19-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 19, human

TSL 3

Gene USP19, Length 617 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP19-210	ENST00000465902	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		42.82	■■■■■ 4.45
USP19-210	ENST00000465902	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		38.06	■■■■□ 3.68
USP19-210	ENST00000465902	ABCC9	O60706	1549 aa		37.61	■■■■□ 3.61
USP19-210	ENST00000465902	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		35.98	■■■■□ 3.35
USP19-210	ENST00000465902	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		35.93	■■■■□ 3.34
USP19-210	ENST00000465902	NACAD	O15069	1562 aa		35.81	■■■■□ 3.32
USP19-210	ENST00000465902	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	35.65	■■■■□ 3.3
USP19-210	ENST00000465902	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		35.48	■■■■□ 3.27
USP19-210	ENST00000465902	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		35.37	■■■■□ 3.25
USP19-210	ENST00000465902	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	35.12	■■■■□ 3.21
USP19-210	ENST00000465902	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		35.09	■■■■□ 3.21
USP19-210	ENST00000465902	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		35.07	■■■■□ 3.2
USP19-210	ENST00000465902	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		34.88	■■■■□ 3.17
USP19-210	ENST00000465902	SCRIB	Q14160	1630 aa		34.81	■■■■□ 3.16
USP19-210	ENST00000465902	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		34.49	■■■■□ 3.11
USP19-210	ENST00000465902	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	34	■■■■□ 3.03
USP19-210	ENST00000465902	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		33.97	■■■■□ 3.03
USP19-210	ENST00000465902	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		33.87	■■■■□ 3.01
USP19-210	ENST00000465902	SMARCA4	P51532	1647 aa		33.24	■■■□□ 2.91
USP19-210	ENST00000465902	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	33.21	■■■□□ 2.91
USP19-210	ENST00000465902	NCAPD3	P42695	1498 aa		33.1	■■■□□ 2.89
USP19-210	ENST00000465902	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		33.03	■■■□□ 2.88
USP19-210	ENST00000465902	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		33.03	■■■□□ 2.88
USP19-210	ENST00000465902	SMARCA2	P51531	1590 aa		33.01	■■■□□ 2.88
USP19-210	ENST00000465902	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		32.84	■■■□□ 2.85
USP19-210	ENST00000465902	HMGXB3	Q12766	1538 aa		32.82	■■■□□ 2.85
USP19-210	ENST00000465902	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	32.81	■■■□□ 2.84
USP19-210	ENST00000465902	WIZ	O95785	1651 aa		32.72	■■■□□ 2.83
USP19-210	ENST00000465902	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	32.65	■■■□□ 2.82
USP19-210	ENST00000465902	ERCC6	Q03468	1493 aa		32.44	■■■□□ 2.78
USP19-210	ENST00000465902	NES	P48681	1621 aa		32.4	■■■□□ 2.78
USP19-210	ENST00000465902	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	32.32	■■■□□ 2.76
USP19-210	ENST00000465902	CUX2	O14529	1486 aa		32.3	■■■□□ 2.76
USP19-210	ENST00000465902	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		32.23	■■■□□ 2.75
USP19-210	ENST00000465902	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		32.12	■■■□□ 2.73
USP19-210	ENST00000465902	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		32.09	■■■□□ 2.73
USP19-210	ENST00000465902	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	32.02	■■■□□ 2.72
USP19-210	ENST00000465902	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		31.98	■■■□□ 2.71
USP19-210	ENST00000465902	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	31.96	■■■□□ 2.71
USP19-210	ENST00000465902	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		31.96	■■■□□ 2.71
USP19-210	ENST00000465902	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		31.91	■■■□□ 2.7
USP19-210	ENST00000465902	CFTR	P13569	1480 aa		31.84	■■■□□ 2.69
USP19-210	ENST00000465902	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		31.75	■■■□□ 2.67
USP19-210	ENST00000465902	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		31.72	■■■□□ 2.67
USP19-210	ENST00000465902	PRDM2	Q13029	1718 aa		31.71	■■■□□ 2.67
USP19-210	ENST00000465902	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		31.69	■■■□□ 2.66
USP19-210	ENST00000465902	WDR62	O43379	1518 aa		31.65	■■■□□ 2.66
USP19-210	ENST00000465902	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	31.41	■■■□□ 2.62
USP19-210	ENST00000465902	TOPBP1	Q92547	1522 aa		31.2	■■■□□ 2.59
USP19-210	ENST00000465902	ABCC8	Q09428	1581 aa		31.2	■■■□□ 2.58
USP19-210	ENST00000465902	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		31.17	■■■□□ 2.58
USP19-210	ENST00000465902	IFT140	Q96RY7	1462 aa		31.08	■■■□□ 2.57
USP19-210	ENST00000465902	CUX1	P39880	1505 aa		30.98	■■■□□ 2.55
USP19-210	ENST00000465902	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	30.97	■■■□□ 2.55
USP19-210	ENST00000465902	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		30.95	■■■□□ 2.55
USP19-210	ENST00000465902	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	30.93	■■■□□ 2.54
USP19-210	ENST00000465902	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		30.89	■■■□□ 2.54
USP19-210	ENST00000465902	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	30.85	■■■□□ 2.53
USP19-210	ENST00000465902	SOGA1	O94964	1423 aa		30.85	■■■□□ 2.53
USP19-210	ENST00000465902	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		30.83	■■■□□ 2.53
USP19-210	ENST00000465902	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	30.81	■■■□□ 2.52
USP19-210	ENST00000465902	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	30.75	■■■□□ 2.51
USP19-210	ENST00000465902	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	30.75	■■■□□ 2.51
USP19-210	ENST00000465902	SYNJ1	O43426	1573 aa		30.74	■■■□□ 2.51
USP19-210	ENST00000465902	TOP2B	Q02880	1626 aa		30.73	■■■□□ 2.51
USP19-210	ENST00000465902	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		30.73	■■■□□ 2.51
USP19-210	ENST00000465902	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	30.68	■■■□□ 2.5
USP19-210	ENST00000465902	TRIM41	Q8WV44	630 aa		30.64	■■■□□ 2.5
USP19-210	ENST00000465902	WDR97	A6NE52	1622 aa		30.6	■■■□□ 2.49
USP19-210	ENST00000465902	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		30.54	■■■□□ 2.48
USP19-210	ENST00000465902	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		30.49	■■■□□ 2.47
USP19-210	ENST00000465902	FBLN2	P98095	1184 aa		30.48	■■■□□ 2.47
USP19-210	ENST00000465902	PBRM1	Q86U86	1689 aa		30.46	■■■□□ 2.47
USP19-210	ENST00000465902	GRIN2B	Q13224	1484 aa		30.45	■■■□□ 2.47
USP19-210	ENST00000465902	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		30.44	■■■□□ 2.46
USP19-210	ENST00000465902	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		30.43	■■■□□ 2.46
USP19-210	ENST00000465902	CHD1	O14646	1710 aa		30.42	■■■□□ 2.46
USP19-210	ENST00000465902	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		30.38	■■■□□ 2.45
USP19-210	ENST00000465902	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		30.38	■■■□□ 2.45
USP19-210	ENST00000465902	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		30.38	■■■□□ 2.45
USP19-210	ENST00000465902	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	30.38	■■■□□ 2.45
USP19-210	ENST00000465902	ARHGEF11	O15085	1522 aa		30.37	■■■□□ 2.45
USP19-210	ENST00000465902	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	30.35	■■■□□ 2.45
USP19-210	ENST00000465902	SYNJ2	O15056	1496 aa		30.26	■■■□□ 2.44
USP19-210	ENST00000465902	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		30.19	■■■□□ 2.42
USP19-210	ENST00000465902	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		30.18	■■■□□ 2.42
USP19-210	ENST00000465902	KIF27	Q86VH2	1401 aa		30.18	■■■□□ 2.42
USP19-210	ENST00000465902	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		30.16	■■■□□ 2.42
USP19-210	ENST00000465902	ADAMTS12	P58397	1594 aa		30.15	■■■□□ 2.42
USP19-210	ENST00000465902	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		30.11	■■■□□ 2.41
USP19-210	ENST00000465902	ARAP1	Q96P48	1450 aa		30.1	■■■□□ 2.41
USP19-210	ENST00000465902	GRIN2A	Q12879	1464 aa		30.06	■■■□□ 2.4
USP19-210	ENST00000465902	IGF1R	P08069	1367 aa		30.02	■■■□□ 2.4
USP19-210	ENST00000465902	CUL7	Q14999	1698 aa		29.97	■■■□□ 2.39
USP19-210	ENST00000465902	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		29.93	■■■□□ 2.38
USP19-210	ENST00000465902	NUP160	Q12769	1436 aa		29.93	■■■□□ 2.38
USP19-210	ENST00000465902	CEP170	Q5SW79	1584 aa		29.92	■■■□□ 2.38
USP19-210	ENST00000465902	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		29.88	■■■□□ 2.37
USP19-210	ENST00000465902	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		29.81	■■■□□ 2.36
USP19-210	ENST00000465902	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	29.71	■■■□□ 2.35

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