Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC13.53□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 EIF4G1-216ENST00000427845 5038 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 UBR5-201ENST00000220959 9418 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.52□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CXorf40A-209ENST00000441248 2411 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MGME1-202ENST00000377709 1936 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 EFCAB2-202ENST00000366522 6167 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
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