Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIM2P55344 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIM2P55344 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIM2P55344 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIM2P55344 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIM2P55344 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
LIM2P55344 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIM2P55344 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIM2P55344 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ELMO3-203ENST00000477898 2281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIM2P55344 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LIM2P55344 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LIM2P55344 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LIM2P55344 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
LIM2P55344 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LIM2P55344 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LIM2P55344 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
LIM2P55344 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
LIM2P55344 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms