Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP3Q9Y6I4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP3Q9Y6I4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP3Q9Y6I4 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms