Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
PRPF39Q86UA1 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
PRPF39Q86UA1 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
PRPF39Q86UA1 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 195.9 ms