Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHMT1P34896 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHMT1P34896 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
SHMT1P34896 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms