Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
HOXD9P28356 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXD9P28356 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXD9P28356 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 125.5 ms