Protein–RNA interactions for Protein: O75112

LDB3, LIM domain-binding protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB3O75112 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LDB3O75112 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LDB3O75112 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LDB3O75112 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
LDB3O75112 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LDB3O75112 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LDB3O75112 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
LDB3O75112 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LDB3O75112 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LDB3O75112 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LDB3O75112 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LDB3O75112 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LDB3O75112 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LDB3O75112 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LDB3O75112 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LDB3O75112 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LDB3O75112 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LDB3O75112 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LDB3O75112 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LDB3O75112 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LDB3O75112 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LDB3O75112 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LDB3O75112 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LDB3O75112 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LDB3O75112 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LDB3O75112 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LDB3O75112 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LDB3O75112 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LDB3O75112 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LDB3O75112 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LDB3O75112 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LDB3O75112 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LDB3O75112 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LDB3O75112 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LDB3O75112 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LDB3O75112 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LDB3O75112 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
LDB3O75112 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LDB3O75112 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LDB3O75112 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LDB3O75112 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LDB3O75112 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LDB3O75112 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LDB3O75112 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LDB3O75112 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LDB3O75112 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LDB3O75112 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LDB3O75112 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LDB3O75112 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LDB3O75112 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
LDB3O75112 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
LDB3O75112 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB3O75112 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB3O75112 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LDB3O75112 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB3O75112 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB3O75112 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB3O75112 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LDB3O75112 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB3O75112 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB3O75112 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB3O75112 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LDB3O75112 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB3O75112 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB3O75112 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB3O75112 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LDB3O75112 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB3O75112 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB3O75112 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB3O75112 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB3O75112 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB3O75112 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB3O75112 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB3O75112 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LDB3O75112 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB3O75112 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB3O75112 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB3O75112 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB3O75112 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LDB3O75112 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB3O75112 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB3O75112 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB3O75112 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB3O75112 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB3O75112 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB3O75112 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LDB3O75112 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB3O75112 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB3O75112 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LDB3O75112 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms