Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ZBTB16-201ENST00000335953 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MUS81-215ENST00000533035 2180 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP35-201ENST00000404338 8889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC3Q9BQI4 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms