Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 UBXN4-201ENST00000272638 4006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.56□□□□□ -0.42e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 INTS10-209ENST00000521008 572 ntTSL 312□□□□□ -0.491e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 INTS10-206ENST00000520670 623 ntTSL 511.83□□□□□ -0.521e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 DPM1-204ENST00000413082 672 ntTSL 311.35□□□□□ -0.591e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 DPM1-203ENST00000371588 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.61e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 TATDN3-207ENST00000526641 1073 ntTSL 2 BASIC11.18□□□□□ -0.621e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 TATDN3-206ENST00000525574 2206 ntTSL 510.58□□□□□ -0.721e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 INTS10-204ENST00000518799 457 ntTSL 59.63□□□□□ -0.871e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 ERGIC3-214ENST00000482338 598 ntTSL 29.31□□□□□ -0.922e-10■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 DPM1-201ENST00000371582 1161 ntTSL 1 (best) BASIC8.44□□□□□ -1.061e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 TATDN3-205ENST00000525569 1000 ntTSL 26.25□□□□□ -1.411e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 TATDN3-211ENST00000530399 547 ntTSL 46.25□□□□□ -1.411e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 DPM1-205ENST00000466152 1097 ntTSL 1 (best)5.18□□□□□ -1.581e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 TATDN3-210ENST00000530392 570 ntTSL 44.32□□□□□ -1.721e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.523e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.463e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 STX3-206ENST00000533637 1024 ntTSL 217.23■□□□□ 0.353e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 STX3-207ENST00000633708 3111 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.113e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 STX3-208ENST00000641815 3236 ntBASIC5.19□□□□□ -1.583e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 WDR70-206ENST00000510699 690 ntTSL 54.22□□□□□ -1.734e-6■■■■■ 107.7
SF3B1O75533 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.013e-6■■■■■ 107.6
SF3B1O75533 AL139011.2-202ENST00000485079 914 ntTSL 310.33□□□□□ -0.763e-6■■■■■ 107.6
SF3B1O75533 ATP11A-208ENST00000459908 4516 ntTSL 211.26□□□□□ -0.612e-6■■■■■ 107.6
SF3B1O75533 ATP11A-204ENST00000418678 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)7.8□□□□□ -1.162e-6■■■■■ 107.6
SF3B1O75533 NR1H2-203ENST00000593532 2380 ntTSL 217.85■□□□□ 0.453e-6■■■■■ 107.6
SF3B1O75533 NR1H2-212ENST00000600355 507 ntTSL 315.79■□□□□ 0.123e-6■■■■■ 107.6
SF3B1O75533 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.21e-6■■■■■ 107.6
SF3B1O75533 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.072e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 12e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.992e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-216ENST00000601436 648 ntAPPRIS ALT2 TSL 320.69■□□□□ 0.92e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-207ENST00000596335 725 ntAPPRIS ALT2 TSL 320.69■□□□□ 0.92e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.792e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.652e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-205ENST00000595393 1471 ntTSL 217.37■□□□□ 0.372e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-214ENST00000601171 513 ntTSL 517.31■□□□□ 0.362e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.222e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-211ENST00000599057 634 ntAPPRIS ALT2 TSL 514.21□□□□□ -0.132e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-204ENST00000594247 1004 ntTSL 514.21□□□□□ -0.132e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-203ENST00000448635 589 ntTSL 314.03□□□□□ -0.162e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 BABAM1-212ENST00000599474 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 211.82□□□□□ -0.522e-8■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 TPP2-201ENST00000376052 5447 ntTSL 5 BASIC11.75□□□□□ -0.533e-6■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 TPP2-202ENST00000376065 3931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.63□□□□□ -0.873e-6■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 CDK16-216ENST00000520893 943 ntTSL 521.86■■□□□ 1.091e-9■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 CDK16-213ENST00000519758 991 ntTSL 319.11■□□□□ 0.651e-9■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 CDK16-215ENST00000520295 573 ntTSL 416.81■□□□□ 0.281e-9■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.879e-9■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 GALNS-209ENST00000567525 1953 ntTSL 215.06■□□□□ 09e-9■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 GALNS-212ENST00000568613 1804 ntTSL 214.05□□□□□ -0.169e-9■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 NR2C1-214ENST00000551647 740 ntTSL 52.57□□□□□ -22e-6■■■■■ 107.5
SF3B1O75533 SAMD4B-213ENST00000610417 3664 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC10.75□□□□□ -0.693e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 SAMD4B-214ENST00000611159 3662 ntTSL 5 BASIC10.25□□□□□ -0.773e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 PHKB-208ENST00000566044 3829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.312e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 PHKB-202ENST00000323584 4283 ntTSL 1 (best) BASIC12.13□□□□□ -0.472e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 PHKB-201ENST00000299167 5464 ntTSL 5 BASIC7.53□□□□□ -1.22e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 PTK2-207ENST00000517887 4661 ntTSL 5 BASIC7.35□□□□□ -1.232e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 PTK2-215ENST00000519654 4129 ntTSL 1 (best)6.08□□□□□ -1.442e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 STK24-206ENST00000481288 656 ntTSL 316.93■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 NR2C1-206ENST00000546416 864 ntTSL 34.61□□□□□ -1.674e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.643e-6■■■■■ 107.4
SF3B1O75533 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.255e-6■■■■■ 107.3
SF3B1O75533 SARNP-202ENST00000546604 1163 ntTSL 212.03□□□□□ -0.481e-6■■■■■ 107.3
SF3B1O75533 SARNP-205ENST00000552884 997 ntTSL 1 (best)8.03□□□□□ -1.121e-6■■■■■ 107.3
SF3B1O75533 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.785e-7■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 KIAA1958-202ENST00000374244 2643 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.233e-6■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 SCAF11-206ENST00000474828 757 ntTSL 218.35■□□□□ 0.531e-6■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 DOCK2-204ENST00000519223 690 ntTSL 317.23■□□□□ 0.358e-10■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.141e-6■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 SCAF11-203ENST00000395453 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.031e-6■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 SCAF11-201ENST00000266589 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 512.04□□□□□ -0.481e-6■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 DOCK2-215ENST00000523684 578 ntTSL 411.21□□□□□ -0.618e-10■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 DOCK2-206ENST00000519734 394 ntTSL 311.21□□□□□ -0.618e-10■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.992e-6■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 CTBP1-213ENST00000514210 856 ntTSL 216.19■□□□□ 0.184e-6■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 KIF4A-201ENST00000374403 4348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.65□□□□□ -1.193e-7■■■■■ 107.2
SF3B1O75533 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.81e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 AGAP1-201ENST00000304032 10832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.45□□□□□ -0.11e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 PTPRJ-206ENST00000534219 546 ntTSL 327.41■■□□□ 1.985e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 PTPRJ-205ENST00000527952 626 ntTSL 526.53■■□□□ 1.845e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.085e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.975e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.685e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.575e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 107.1
SF3B1O75533 TNRC6B-206ENST00000454349 18279 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.71□□□□□ -1.52e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNRC6B-202ENST00000335727 17933 ntTSL 1 (best) BASIC5.59□□□□□ -1.512e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TPRA1-207ENST00000469111 1007 ntTSL 531.57■■■□□ 2.648e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 THAP12-203ENST00000528993 882 ntTSL 330.98■■■□□ 2.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-215ENST00000570125 681 ntTSL 430.96■■■□□ 2.558e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.438e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCALD-204ENST00000517531 629 ntTSL 430.08■■■□□ 2.411e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 C11orf95-203ENST00000445014 827 ntTSL 530.08■■■□□ 2.418e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIAA1522-205ENST00000468130 684 ntTSL 229.74■■■□□ 2.358e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TEX261-206ENST00000489894 590 ntTSL 229.67■■■□□ 2.348e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.318e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.288e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.238e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1314.9 ms