Protein–RNA interactions for Protein: P48431

SOX2, Transcription factor SOX-2, humanhuman

Predictions only

Length 317 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX2P48431 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SLC27A6-201ENST00000262462 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
SOX2P48431 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
SOX2P48431 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms