Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCN3AQ9NY46 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
SCN3AQ9NY46 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
SCN3AQ9NY46 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
SCN3AQ9NY46 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms