Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NUP54Q7Z3B4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NUP54Q7Z3B4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
NUP54Q7Z3B4 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
NUP54Q7Z3B4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
NUP54Q7Z3B4 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
NUP54Q7Z3B4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
NUP54Q7Z3B4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
NUP54Q7Z3B4 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
NUP54Q7Z3B4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUP54Q7Z3B4 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NUP54Q7Z3B4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms