Protein–RNA interactions for Protein: Q6P087

RPUSD3, Mitochondrial mRNA pseudouridine synthase RPUSD3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 351 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD3Q6P087 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
RPUSD3Q6P087 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
RPUSD3Q6P087 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
RPUSD3Q6P087 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms