Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
VPS53Q5VIR6 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
VPS53Q5VIR6 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
VPS53Q5VIR6 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC29■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
VPS53Q5VIR6 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.5 ms