Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SHHQ15465 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHHQ15465 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHHQ15465 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHHQ15465 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SHHQ15465 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
SHHQ15465 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHHQ15465 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SHHQ15465 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHHQ15465 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHHQ15465 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHHQ15465 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHHQ15465 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHHQ15465 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHHQ15465 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHHQ15465 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
SHHQ15465 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
SHHQ15465 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHHQ15465 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHHQ15465 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHHQ15465 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHHQ15465 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHHQ15465 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHHQ15465 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHHQ15465 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHHQ15465 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHHQ15465 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
SHHQ15465 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHHQ15465 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHHQ15465 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHHQ15465 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHHQ15465 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHHQ15465 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHHQ15465 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
SHHQ15465 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHHQ15465 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHHQ15465 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHHQ15465 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHHQ15465 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SHHQ15465 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SHHQ15465 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
SHHQ15465 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SHHQ15465 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SHHQ15465 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
SHHQ15465 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SHHQ15465 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SHHQ15465 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SHHQ15465 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SHHQ15465 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SHHQ15465 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SHHQ15465 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
SHHQ15465 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
SHHQ15465 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SHHQ15465 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SHHQ15465 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
SHHQ15465 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SHHQ15465 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SHHQ15465 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SHHQ15465 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SHHQ15465 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
SHHQ15465 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SHHQ15465 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SHHQ15465 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SHHQ15465 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
SHHQ15465 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
SHHQ15465 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
SHHQ15465 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SHHQ15465 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SHHQ15465 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHHQ15465 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHHQ15465 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHHQ15465 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHHQ15465 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHHQ15465 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHHQ15465 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SHHQ15465 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
SHHQ15465 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
SHHQ15465 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SHHQ15465 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHHQ15465 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHHQ15465 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHHQ15465 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHHQ15465 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHHQ15465 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHHQ15465 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHHQ15465 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SHHQ15465 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SHHQ15465 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SHHQ15465 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SHHQ15465 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
SHHQ15465 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
SHHQ15465 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SHHQ15465 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
SHHQ15465 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
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