Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SF3A1Q15459 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
SF3A1Q15459 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SF3A1Q15459 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SF3A1Q15459 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46 ms