Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.04■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC37.03■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC37.03■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.02■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC37.02■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC37.01■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC37.01■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC37.01■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.52
TCOF1Q13428 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC37■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC36.99■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.99■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.99■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC36.98■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC36.97■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC36.96■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.95■■■■□ 3.51
TCOF1Q13428 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC36.95■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC36.94■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC36.94■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC36.94■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.93■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC36.93■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.93■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC36.93■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC36.93■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC36.92■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.91■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC36.9■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC36.9■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC36.89■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.88■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC36.88■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.5
TCOF1Q13428 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC36.88■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC36.88■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC36.86■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC36.84■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.84■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.84■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC36.84■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC36.84■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC36.84■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC36.83■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC36.82■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC36.82■■■■□ 3.49
TCOF1Q13428 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.81■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
TCOF1Q13428 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.81■■■■□ 3.48
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