Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
RFX3P48380 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
RFX3P48380 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX3P48380 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX3P48380 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX3P48380 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX3P48380 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX3P48380 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RFX3P48380 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
RFX3P48380 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX3P48380 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX3P48380 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX3P48380 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX3P48380 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX3P48380 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
RFX3P48380 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX3P48380 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX3P48380 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX3P48380 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX3P48380 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX3P48380 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX3P48380 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RFX3P48380 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX3P48380 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX3P48380 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX3P48380 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
RFX3P48380 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX3P48380 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX3P48380 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX3P48380 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX3P48380 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX3P48380 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RFX3P48380 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX3P48380 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX3P48380 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX3P48380 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX3P48380 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX3P48380 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX3P48380 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX3P48380 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
RFX3P48380 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
RFX3P48380 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
RFX3P48380 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
RFX3P48380 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
RFX3P48380 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
RFX3P48380 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
RFX3P48380 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
RFX3P48380 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
RFX3P48380 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
RFX3P48380 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
RFX3P48380 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
RFX3P48380 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
RFX3P48380 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
RFX3P48380 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
RFX3P48380 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
RFX3P48380 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RFX3P48380 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
RFX3P48380 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
RFX3P48380 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
RFX3P48380 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
RFX3P48380 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
RFX3P48380 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
RFX3P48380 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
RFX3P48380 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
RFX3P48380 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
RFX3P48380 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
RFX3P48380 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RFX3P48380 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
RFX3P48380 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
RFX3P48380 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RFX3P48380 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RFX3P48380 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RFX3P48380 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RFX3P48380 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RFX3P48380 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
RFX3P48380 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
RFX3P48380 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
RFX3P48380 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
RFX3P48380 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
RFX3P48380 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
RFX3P48380 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms