Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
VPS54Q9P1Q0 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
VPS54Q9P1Q0 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
VPS54Q9P1Q0 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
VPS54Q9P1Q0 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms