Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC32.27■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC32.26■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC32.26■■■□□ 2.76
SHANK3Q9BYB0 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.26■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.26■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC32.26■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC32.26■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC32.25■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC32.24■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.23■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC32.23■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC32.23■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.22■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.21■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC32.21■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.75
SHANK3Q9BYB0 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC32.2■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC32.19■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC32.19■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC32.18■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC32.17■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC32.16■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC32.15■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC32.14■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
SHANK3Q9BYB0 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.13■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC32.12■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC32.12■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC32.12■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.11■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC32.11■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC32.09■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.09■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC32.08■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
SHANK3Q9BYB0 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC32.07■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC32.07■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC32.06■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC32.06■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC32.05■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC32.04■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC32.03■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.03■■■□□ 2.72
SHANK3Q9BYB0 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC32.03■■■□□ 2.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms