Protein–RNA interactions for Protein: Q99742

NPAS1, Neuronal PAS domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 590 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPAS1Q99742 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
NPAS1Q99742 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
NPAS1Q99742 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
NPAS1Q99742 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
NPAS1Q99742 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms