Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
HDAC4P56524 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HDAC4P56524 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
HDAC4P56524 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms