Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
HOXD3P31249 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
HOXD3P31249 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms