Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.11
SMARCA1P28370 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMARCA1P28370 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMARCA1P28370 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMARCA1P28370 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 128.6 ms