Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COL6A1P12109 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL6A1P12109 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL6A1P12109 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL6A1P12109 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms