Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 AL049612.1-201ENST00000427017 694 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC26.26■■□□□ 1.8
TCOF1Q13428 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 FMR1-207ENST00000439526 3699 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TCOF1Q13428 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
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