Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
CCDC9Q9Y3X0 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.12■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC33.1■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC33.09■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CCDC9Q9Y3X0 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC33.03■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CCDC9Q9Y3X0 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC32.96■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
CCDC9Q9Y3X0 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.95■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC32.95■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
CCDC9Q9Y3X0 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC32.92■■■□□ 2.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.7 ms