Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.5 ms