Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
SMARCAL1Q9NZC9 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SMARCAL1Q9NZC9 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SMARCAL1Q9NZC9 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SMARCAL1Q9NZC9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms