Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
EXOSC4Q9NPD3 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
EXOSC4Q9NPD3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
EXOSC4Q9NPD3 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
EXOSC4Q9NPD3 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.6 ms