Protein–RNA interactions for Protein: Q9BWF2

TRAIP, E3 ubiquitin-protein ligase TRAIP, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAIPQ9BWF2 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
TRAIPQ9BWF2 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
TRAIPQ9BWF2 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRAIPQ9BWF2 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRAIPQ9BWF2 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TRAIPQ9BWF2 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms