Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL4A3Q01955 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
COL4A3Q01955 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
COL4A3Q01955 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL4A3Q01955 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms