Protein–RNA interactions for Protein: P49917

LIG4, DNA ligase 4, humanhuman

Predictions only

Length 911 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG4P49917 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG4P49917 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG4P49917 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG4P49917 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIG4P49917 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIG4P49917 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIG4P49917 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
LIG4P49917 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIG4P49917 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIG4P49917 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIG4P49917 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
LIG4P49917 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
LIG4P49917 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIG4P49917 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIG4P49917 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIG4P49917 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIG4P49917 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIG4P49917 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIG4P49917 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIG4P49917 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIG4P49917 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIG4P49917 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIG4P49917 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIG4P49917 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIG4P49917 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIG4P49917 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
LIG4P49917 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
LIG4P49917 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG4P49917 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG4P49917 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG4P49917 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG4P49917 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG4P49917 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG4P49917 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
LIG4P49917 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG4P49917 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG4P49917 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG4P49917 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIG4P49917 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
LIG4P49917 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIG4P49917 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIG4P49917 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIG4P49917 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
LIG4P49917 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG4P49917 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG4P49917 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG4P49917 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
LIG4P49917 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG4P49917 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG4P49917 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG4P49917 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG4P49917 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG4P49917 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG4P49917 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
LIG4P49917 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
LIG4P49917 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG4P49917 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
LIG4P49917 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG4P49917 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG4P49917 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
LIG4P49917 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG4P49917 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG4P49917 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG4P49917 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
LIG4P49917 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG4P49917 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG4P49917 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG4P49917 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG4P49917 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG4P49917 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG4P49917 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
LIG4P49917 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG4P49917 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG4P49917 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG4P49917 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG4P49917 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG4P49917 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG4P49917 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
LIG4P49917 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG4P49917 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG4P49917 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG4P49917 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG4P49917 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG4P49917 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
LIG4P49917 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
LIG4P49917 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG4P49917 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG4P49917 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG4P49917 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG4P49917 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
LIG4P49917 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG4P49917 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG4P49917 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG4P49917 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG4P49917 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
LIG4P49917 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG4P49917 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG4P49917 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG4P49917 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
LIG4P49917 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms