Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 NT5E-202ENST00000369646 974 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 WAC-202ENST00000347934 2839 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC246785.2-201ENST00000432512 513 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms