Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 POC1B-GALNT4-201ENST00000547474 2207 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 FAM219B-204ENST00000563119 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.5
LHX3Q9UBR4 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LHX3Q9UBR4 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms