Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
UPF3AQ9H1J1 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC27.79■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
UPF3AQ9H1J1 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.03
UPF3AQ9H1J1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
UPF3AQ9H1J1 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.5 ms