Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
SHANK3Q9BYB0 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
SHANK3Q9BYB0 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC32.76■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC32.75■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC32.75■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.74■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC32.74■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC32.73■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC32.73■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC32.73■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC32.71■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.71■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC32.7■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
SHANK3Q9BYB0 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC32.69■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.68■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC32.68■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC32.68■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC32.67■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC32.66■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC32.65■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
SHANK3Q9BYB0 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC32.63■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC32.62■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC32.6■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
SHANK3Q9BYB0 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC32.57■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC32.57■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC32.57■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC32.56■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC32.55■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC32.55■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC32.54■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC32.54■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
SHANK3Q9BYB0 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 99 ms