Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SCN2AQ99250 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN2AQ99250 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCN2AQ99250 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN2AQ99250 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN2AQ99250 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms