Protein–RNA interactions for Protein: P55283

CDH4, Cadherin-4, humanhuman

Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDH4P55283 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CDH4P55283 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH4P55283 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH4P55283 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH4P55283 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CDH4P55283 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CDH4P55283 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CDH4P55283 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CDH4P55283 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CDH4P55283 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CDH4P55283 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CDH4P55283 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CDH4P55283 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH4P55283 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CDH4P55283 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH4P55283 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH4P55283 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CDH4P55283 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH4P55283 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH4P55283 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH4P55283 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH4P55283 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH4P55283 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH4P55283 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH4P55283 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CDH4P55283 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CDH4P55283 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CDH4P55283 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
CDH4P55283 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CDH4P55283 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CDH4P55283 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CDH4P55283 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH4P55283 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CDH4P55283 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH4P55283 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH4P55283 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH4P55283 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH4P55283 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH4P55283 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CDH4P55283 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CDH4P55283 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CDH4P55283 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CDH4P55283 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CDH4P55283 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CDH4P55283 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CDH4P55283 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CDH4P55283 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CDH4P55283 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CDH4P55283 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CDH4P55283 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CDH4P55283 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CDH4P55283 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CDH4P55283 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CDH4P55283 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CDH4P55283 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CDH4P55283 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CDH4P55283 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CDH4P55283 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
CDH4P55283 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CDH4P55283 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CDH4P55283 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CDH4P55283 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CDH4P55283 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CDH4P55283 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CDH4P55283 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CDH4P55283 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CDH4P55283 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CDH4P55283 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CDH4P55283 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CDH4P55283 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CDH4P55283 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CDH4P55283 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CDH4P55283 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CDH4P55283 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CDH4P55283 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CDH4P55283 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CDH4P55283 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CDH4P55283 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CDH4P55283 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CDH4P55283 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CDH4P55283 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CDH4P55283 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CDH4P55283 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CDH4P55283 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CDH4P55283 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CDH4P55283 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CDH4P55283 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CDH4P55283 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CDH4P55283 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CDH4P55283 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CDH4P55283 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CDH4P55283 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CDH4P55283 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CDH4P55283 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CDH4P55283 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CDH4P55283 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
CDH4P55283 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CDH4P55283 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CDH4P55283 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CDH4P55283 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.9 ms