Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIG3P49916 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIG3P49916 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG3P49916 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG3P49916 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG3P49916 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG3P49916 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIG3P49916 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIG3P49916 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIG3P49916 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIG3P49916 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG3P49916 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG3P49916 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG3P49916 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG3P49916 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG3P49916 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIG3P49916 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG3P49916 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG3P49916 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG3P49916 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG3P49916 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG3P49916 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG3P49916 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG3P49916 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIG3P49916 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG3P49916 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG3P49916 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIG3P49916 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIG3P49916 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIG3P49916 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG3P49916 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG3P49916 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
LIG3P49916 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG3P49916 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG3P49916 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
LIG3P49916 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG3P49916 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG3P49916 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG3P49916 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
LIG3P49916 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG3P49916 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG3P49916 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG3P49916 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
LIG3P49916 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG3P49916 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
LIG3P49916 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG3P49916 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG3P49916 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
LIG3P49916 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG3P49916 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG3P49916 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG3P49916 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG3P49916 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG3P49916 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG3P49916 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG3P49916 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
LIG3P49916 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
LIG3P49916 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
LIG3P49916 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG3P49916 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG3P49916 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG3P49916 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG3P49916 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
LIG3P49916 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG3P49916 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG3P49916 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG3P49916 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG3P49916 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG3P49916 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG3P49916 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG3P49916 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
LIG3P49916 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
LIG3P49916 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.3 ms